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人体的生理基本组织结构分成三大部分，这就是物元（源）生理组织结构、质元（源）生理组织结构、体元（源）生理组织结构。这三大隐性和显性生理组织结构中又各自分阴分阳，成为独立不同的系统。隐性玄源生理组织主要是指形体中的基础全息性体的体元，也可称之为本体全息性体。人的本体全息性体是生命的基本组织成分，属于有质无形的生命体，是性命中的“性”体系统。它与“命”体概念中的形体躯壳相结合，前者指挥后者，共同维系生命的正常活动。本体全息体的体元又由阴性本体全息体和阳性本体全息体共同组成。
隐性玄源致病内因，是指本体全息体元中的元性、三魂七魄、五臓阴阳神的病理性变化，以及客居于形体内的外源性阴性全息体元对生理正常活动的干扰破坏。研究全息体元的致病机理，必需学习和掌握人体全息体元系统的生理组织结构，人体内环境中的本体全息体元是全息体元学说中的基础部分，它们在人体内环境中既是分散而独立存在，又是不可分离的整体。传统中医学将元性、三魂七魄、五臓阴阳神的集合整体生理功能称为“神”或“精神”。这种“神”的概念就是对人体内全息体元的一种总称，这一“神”的概念在修真界是低层次的，它只是内全息的一种生理功能的自然集合，并不具备修真界所研究的各类各层次神的质性，但对常人而言却是生命和健康的主宰。
一、元性致病内因
元性是内环境中人体生命的基本玄源元素之一，修真界在高维空间的慧观中发现它的客观存在，传统上也将它称为：“一点灵光含元性”。元性是在人出生时，才以一点灵光的物质运动方式，全息式地进入胎儿体内的。虽然人类的一点灵光全都是平等的，本质上不存在分别。但是，元性本身却存在着品质和能量的差异性，能量的不足能损耗品质的强弱，品质的高低又制约着能量的强弱。
元性在时空中的存在转换和运动有三种方式：
第一类是逐层向下顺行运动，由高层次逐步向低层次进行进出生物形体的转换，这种转换将使灵光的能量逐步减少，活力下降，灵光上的斑点缺陷增加；不能尊道贵德，修身实践三修一化行，造恶因却不断升级者，常会在这一类之中。
第二类是灵光在从高层高维时空一次性下落后，逐步由低层次向高层次逆返性完成进出生物形体的转换，这种运动方式的灵光，其能量和活力将逐步升质，灵光上的斑点和缺陷逐步减少和修复直至“圆明”而复返高层次高维空间。这一类必定是实践“修之身，其德乃真”者的必然结果。
第三类是反复升降式地进行进出生物形体的转换，这类灵光的质量存在着反复损耗又反复补充，时升时降的特点。这-类是大多数人的共同特点，步入修身正途则上升和上浮，陷入私心贪欲，妄想执着则下降和下陷。
元性在进入形体后，先居于人体天心一窍中，下丹田气穴内。继而很快经脐中这一窍，与从父母经血中所全息复制的阴性信息遗传密码相结合，启动对胎儿发育生长期中形成的七魄的控制力，生阴生阳组成人体内的全息信息系统：本体阴阳体元。这一过程是灵光的物质能量一部分散布在婴儿全身各臓腑器官中的过程，其余相当多的一部分则进入颅内的脑组织和脊髓腔内，师传丹经中所谓：“一点元阳落窍中，散在五行不相逢”就是此意。
1遗传携带性：由于元性是先天本性，它在由隐合显，由合显分离又入隐的过程中，与生物的微观特性相同，具有信息物质的全息复制、遗传、携带的玄源物质生理特点。这一特点是遵循自然全息因果律的特性，善恶良莠都是全息性携带，再由自然大道总规律所调控，完成自然因果律的一次运作过程。在完成自然因果律的人生过程中，这些全息性遗传“因性”全息信息，将会由于条件成熟而逐步释放，其中一部分就会转换成健康干扰素，引起机体器官组织的功能紊乱而导致疾病的产生，这也就是所谓尝果受业报。
2能量损耗性：元性是以灵光这种物质形式进行转换运动的，这种特殊光质的元性既具有全息性，也是物质性的，物质的能量损耗和增加都因具体运动形式而定，逆向获能，顺向则耗能，顺向转化次数越多，则耗散的能量越严重，能量的强弱影响着元性的品质和活力的高低，能量损耗过多，能量过低，则易引起发病。
3先天不足：灵光本身在进入各种躯体的运作过程中，就会有明显的损耗，如果原来本身能量不足，经此消耗后，品质就会下降，进入躯壳的能量质量就更低。另一方面，灵光在历史上因为业因而形成的斑点缺陷，也会使灵光的能量不足，如果这一能量低于正常阈值，就是先天不足，先天不足将引起形体内整体的主导性“神运”活力的功能障碍，或者某些臓腑功能障碍。导致后天体质差，禀赋不足，或者精神性和神经系统的先天性疾病。
人类生命的健康素质和精神素质的高低，在本因上全都取决于元性本身的品和质。元性如果在植物生物链和动物生物链中沉降，然后再进入人类生物链中者，元性品质常常远远不及于稳定地在人类生物链中的沉浮升降者。所以修身五戒中，第一戒就是戒杀，不可妄杀动物和植物，主动避免跌入动物生物链和植物生物链。并且通过修身而累世积修德道和今世积修德道是提升元性品质，这些修身方法，都是主动避免先天不足的根本办法。
二、三魂致病内因
肝属木，肝藏魂。肝为臓属阴，魂属阳。另外肝臓本体中还有一对阴阳体元，名为游魂和龙烟。这两对阴阳共同构成肝臓的隐显阴阳生理组织结构。这一结构是一个完整的整体，共同完成肝臓的生理功能。三魂除了舍于肝以外，还主持着整个人体的生命的功能。三魂是指三个全息的体元，既能分别独立地主持内臓的生理功能，也能集约地主持某一内臓的生理功能和全身的生理功能。
1残缺遗失：分为先天残缺和后天遗失。
先天残缺，包括元性的全息复制功能障碍和以父母为本的全息遗传功能障碍两大类，这种残缺将引起先天遗传性疾病和整体性或者局部性生理功能障碍。
后天遗失，是由于某种特殊的内因或者外因，造成三魂中某一全息体元或者全部逸出形体之外，形成丢失不归体的现象。由此而导致内臓生理功能紊乱，这种内部的神运缺如，将产生精神性病症，心理性疾病，以及生理功能障碍。当三魂全部离体时，则会出现昏迷、类似植物人的病象，或者死亡。
2能量损耗：三魂的精神营养能量主要来源于体内的元气和天德能量，食物中的谷气、地气能量并不能直接滋养它们。由于某些内因或者外因，造成三魂个体和全体能量的过量损耗，活力下降，不能维系整个生命体和内臓中的阴阳平衡，就会导致功能性疾病。
三、七魄致病内因
肺属金，肺藏魄。七魄是体内全息系统中的阴性神运全息体元，与三魂互为阴阳，共同组成体内的全息信息系统，完成内环境中全息神运的主导功能。
七魄，是指七个既独立存在又能集合发挥功能的阴性全息体元。它们藏于肺，却分别主持着六腑三焦以及奇恒之府中的部分生理功能。七魄致病，一般有二种原因。
1残缺遗失：分为先天残缺和后天遗失。
先天残缺，包括元性的全息复制功能障碍和以父母为本的全息遗传功能障碍两大类，这种残缺将引起先天遗传性疾病和整体性或者局部性生理功能障碍。
后天遗失，是由于某种特殊的内因或者外因，例如惊吓，造成七魄中某一全息体元或者全都逸出形体之外，形成丢失现象。由此而导致臓腑生理功能紊乱，这种内部的神运缺如，将产生精神性病症和所主持器官的功能障碍。
2能量损耗：七魄的精神营养主要依赖于体内的元气和地气，非修真者的七魄并不能直接吸收天德能量。而地气的来源常人主要依赖各种食物中所含的微量地气，由于某些内因或者外因，产生七魄个体和全体能量的吸收不足或者过量损耗，造成七魄在六腑三焦中不能正常工作，不能维系六腑三焦和内臓中的阴阳平衡，从而导致功能性疾病。
四、寄生体元致病内因
寄生体元，是由于自然全息因果律造成的灵光全息携带，或者后天不注重生态平衡产生新的业因，从而导致外界某种或者某些全息体元客居于形体之内，干扰和破坏内环境的生理功能造成疾病。其中杀盗邪淫所造之因，造成寄生的比例最大，尤其历史上杀业与现世杀业诱发的比例为最高。
外界全息体元在体内的寄生客居，必定具备着因果关系。其中又分为今生因果关系和历世因果关系，如果不存在因果关系，则难以“移民”客居于机体之内。（这部分的一些内容，宜于和玄源致病外因合参。）
1先天携带：先天携带严格而言，是一类本因病机，本因病机比较复杂和庞大，而且唯有慧观才能发现，我们将另篇探讨，这里暂时将其归入内因中简单提及一下。先天携带是指生命的一点灵光中全息性携带的历世往昔所造的杀、盗、淫、邪等恶性因子，并不因为时间的流逝，命体的转换而消失。相反，一点灵光始终将其全息复制而携带，等待着时机，当内因外因符合其自然释放的条件时，即会释放因而产生各种疾病的“果”，在慧观中是丝毫不爽的现象。现依据临床慧观经验归纳如下。
例如：在杀因系统中，共有七种杀因：欲杀，情杀，贪杀，痴杀，嗔杀，疑杀，误杀七大类。七杀中又分直接杀、间接杀。间接杀中包括食用，因为食用动物肉（尸体）时，越新鲜其中动物本身中的幽精和七魄越完整，活力越强，致病的可能性越高。七杀的因业全都全息性地携带和储存于人体之内，等候着内因和外因时机的成熟而释放出来，从而构成疾病的本因。临床上的各种癌症疾患，疑难重病，皆与历世和今世的杀因密切相关，如：肝癌、肺癌、喉癌、胃癌、肠癌、脑癌、肾癌、膀胱癌、骨癌、白血病等等各类癌症，其次如高血压、冠心病、糖尿病、胆结石、各种慢性炎症、骨结核、肺结核、骨髓炎、类风湿等等，皆与杀因密切相关。
淫因系统致病因素方面，则常见男女生殖系统疾病。男性前列腺癌、阴经癌、睾丸癌；女性的乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌，皆与历世今生的邪淫和堕胎密切相关。其次的本因关系中则可见于杀生、乱吃等行为。杀盗淫邪造因形成疾病的本因和内因机制中，杀因治病的现象最为严重，盗与邪则致病稍轻，多见于久治难愈的慢性病中。当然，盗和邪的造因严重时，也有部分病例同样会出现重症和危难之症。这都与造因的轻重和后果轻重相关。
2乱伐毁损：胡乱砍伐高龄树木，盗墓和未作妥善安置的毁墓，故意毁坏飞禽走兽的窝洞，拆庙毁观，砸毁佛道塑像等等各种破坏人与自然万物和谐共处的行为，这一类非道德性行为，常见导致精神系统障碍和疾病，各种慢性顽固炎症，肢体疼痛、风湿痹症、瘘漏等等疾病。信息体灵性强，而行为过于恶劣的案例中也常见与内因和外因一起导致癌症等严重的“索命讨债”型疾病。
3病从口入：人类因贪口味而胡乱食用各种非家禽动物，这是一种间接的杀生。常会意外地招致一些高低不同品味的全息体元客居于形体之中。贪食高灵性山珍海味，各种动物肉体，动物肉体中承载着动物本身的七魄以及魂中幽精全息体元，则会通过口腔而进入体内致病。另一方面，过久、过多误食性激素促生、抗菌素保生，人工饲养的各种动物、鱼类，也会产生病从口人。
语言无道德，咒天骂天，诽道谤佛，恶口骂人，寡信说谎，淫言秽语，搬弄口舌是非等等邪行，亦属于病从口入类型。
这些病从口入的因素，最易导致消化道恶疾，以及上呼吸道和口腔内的慢性病和恶性疾病。从其中的本因中，大都与各类各种全息体元的作用密切相关，只是肉眼难以观察和发现其中作用力的来源、过程以及终结。
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